Der RÍO NEGRO entspringt als Río Guainía im Südosten von Kolumbien. Sein Wasser fließt anfangs nach Osten, später nach Süden und bilded die Grenze von Kolumbien und Venezuela. Hier heißt der Fluss schon Rio Negro - Der schwarze Fluss.
In dieser Gegend ist er über den von Humbold entdeckten natürlichen Kanal Brazo Casiquiare mit dem Orinoco, der durch Venezuela verläuft, verbunden.

Später ist der Río Negro für etliche Kilometer Grenzfluss zu Roraima, von wo auch sein größter Nebenfluss, der Río Branco, zufließt.

Etwa 320 km nach der Einmündung des Uaupés verästelt sich der durch Geländeverflachung und Rückstau vom Río Amazonas an Strömung verlierende Rio Negro in viele Seitenarme und bildet dadurch ein teils bis zu 20 km breites Flussbett und das größte zusammenhängende Fluss-Inselgebiet der Erde: Die Anavilhanas. 190 km vor Manaus finden sich die über 400 Inseln im Rio Negro.

Das Schwarzwasser des Flusses basiert auf einem hohen Gehalt an Fulvo- und Huminsäuren, die vom Regen aus den ausgelaugten, sandigen Böden gewaschen wurden. Das Wasser ist trotz der schwarzen Färbung sehr klar.

Manaus bezieht sein Trinkwasser u.a. direkt aus dem Río Negro. Durch die Armut an Nährstoffen und Sauerstoff gibt es im Río Negro kaum Mückenlarven und das Risiko, an Malaria zu erkranken ist sehr gering.

Durch die höhere Temperatur des Río Negro fließen die Wasser dieses Flusses und die hellbraunen, sog. "Weisswasser" des Río Solimões am Meeting of the Waters, dem Zusammenfluss, fast 15 km nebeneinander her, ehe sie sich vermische

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